Esa misma temporada también tuvo una actuación destacable en la Copa del Rey llegando a dieciseisavos de final dejando en el camino a la RSD Alcalá (1-5 fuera de casa), al FC Cartagena (1-0 en Pasarón) y Puertollano (2-0 también en feudo granate). Los problemas económicos acosan al Pontevedra y la temporada 2008-09 es mala, no consiguiendo clasificarse al play-off, a pesar de una gran remontada en liga y la vuelta al banquillo granate de José Aurelio Gay.
